Il palazzo era di certo già edificato nell’XI secolo. Nel 1538 viene realizzato l’attuale Cortile Lampedusa, come prolungamento della via Bara, e subito dopo, nel giro di un decennio, vengono edificati, due fra i più importanti palazzi dell’aristocrazia palermitana della fine del 500, il palazzo dei conti di Raccuia (attuale Palazzo Branciforte, il cui recupero ha avuto inizio nel 2008 sotto la guida dell’arch. Gae Aulenti) e quello di Cesare ed Ottavio d’Aragona (attuale Palazzo Lampedusa). I successivi proprietari individuati sono i componenti della famiglia Zappino. Il Palazzo viene incamerato alla famiglia Tomasi di Lampedusa nella metà del settecento. Durante l’assedio borbonico, seguito ai moti del 1848, il palazzo fu colpito da una bomba che ne causò la distruzione della sala grande. Il 5 aprile del ’43 “le bombe trascinate da oltre oceano la cercarono e la distrussero”, causando la perdita quasi totale dell’ala settentrionale, parte di quella meridionale e la totale perdita della parte centrale (unione fra le due ali) e della terrazza porticata.